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Studio del microbioma nelle scienze animali: aspetti metodologici ed applicativi

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Coordinatore: Arianna Buccioni (Ruminanti) - Paolo Trevisi (Monogastrici)


Membri:

Bianca Castiglioni, Antonella Chiariotti, Anna De Angelis, Rosanna Marino, Marcello Mele

Giuseppe Moniello, Anna Nudda, Alberto Palmonari, Valentino Palombo, Mariano Pauselli, Luciano Pinotti, Luciana Rossi, Ilaria Biasato, Bruno Stefanon, Genciana Terova, Massimo Trabalza Marinucci, Raffaella Tudisco


Obiettivi:

  • redigere e somministrare un questionario inerente alla raccolta degli approcci analitici per l’analisi del microbioma, disponibilità di biobanche microbiche o biorepository di matrici biologiche caratterizzanti la biodiversità microbica del panorama zootecnico nazionale

  • mappatura infrastrutture di sequenziamento dedicate alla zootecnia (reale dimensionamento delle necessità di sequenziamento)

  • mappatura competenze di analisi dei dati 16s rRNA, metagenoma ed “omici” in generale


Attività:
 

  • Stato dell’arte sulle conoscenze della diversità e funzioni del microbioma delle diverse specie di interesse zootecnico

  • Approfondimento e discussione di:

  1. aspetti metodologici: disegni sperimentali adottati nei trial in vitro ed in vivo

  2. metodi di campionamento utilizzati per il prelievo dei campioni biologici da utilizzare per lo studio del microbioma e per la loro conservazione

  3. metodologie adottate per l’indagine del microbioma in funzione degli obiettivi dello studio

  4. Approcci analitici bioinformatici e biostatistici, sviluppo di modelli complessi che integrano dati di microbioma ed altre covarianti descrittive dello stato fisiologico degli animali

     

Deliverable:

  1. Review su riviste scientifiche a seconda dei dati raccolti dal questionario

  2. Linee guida operative per la raccolta dei campioni, lo stoccaggio dei campioni e l’analisi dei dati multiomocs.

  3. Summer school: early stage e advance stage



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