Studio del microbioma nelle scienze animali: aspetti metodologici ed applicativi
Coordinatore: Arianna Buccioni (Ruminanti) - Paolo Trevisi (Monogastrici)
Membri:
Marcello Mele, Anna Nudda, Bruno Stefanon, Luciano Pinotti, Valentino Palombo, Achille Schiavone, Massimo Trabalza Marinucci, Rosanna Marino
Raffaella Tudisco, Bianca Castiglioni, Genciana Terova, Anna De Angelis, Giuseppe Moniello
Mariano Pauselli, Antonella Chiariotti, Luciana Rossi, Alberto Palmonari
Obiettivi:
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redigere e somministrare un questionario inerente alla raccolta degli approcci analitici per l’analisi del microbioma, disponibilità di biobanche microbiche o biorepository di matrici biologiche caratterizzanti la biodiversità microbica del panorama zootecnico nazionale
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mappatura infrastrutture di sequenziamento dedicate alla zootecnia (reale dimensionamento delle necessità di sequenziamento)
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mappatura competenze di analisi dei dati 16s rRNA, metagenoma ed “omici” in generale
Attività:
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Stato dell’arte sulle conoscenze della diversità e funzioni del microbioma delle diverse specie di interesse zootecnico
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Approfondimento e discussione di:
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aspetti metodologici: disegni sperimentali adottati nei trial in vitro ed in vivo
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metodi di campionamento utilizzati per il prelievo dei campioni biologici da utilizzare per lo studio del microbioma e per la loro conservazione
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metodologie adottate per l’indagine del microbioma in funzione degli obiettivi dello studio
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Approcci analitici bioinformatici e biostatistici, sviluppo di modelli complessi che integrano dati di microbioma ed altre covarianti descrittive dello stato fisiologico degli animali
Deliverable:
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Review su riviste scientifiche a seconda dei dati raccolti dal questionario
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Linee guida operative per la raccolta dei campioni, lo stoccaggio dei campioni e l’analisi dei dati multiomocs.
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Summer school: early stage e advance stage